日本木瓜是矮灌木,高約1米,枝條廣開,有細刺;小枝粗糙,圓柱形,幼時具絨毛,紫紅色,二年生枝條有疣狀突起,黑褐色,無毛;冬芽三角卵形,先端急尖,無毛,紫褐色。葉片倒卵形、匙形至寬卵形,長3-5厘米,寬2-3厘米,先端圓鈍,稀微有急尖,基部楔形或寬楔形,邊緣有圓鈍鋸齒,齒尖向內合攏,無毛;葉柄長約5毫米,無毛;托葉腎形有圓齒,長1厘米,寬1.5-2厘米?;?-5朵簇生,花梗短或近于無梗,無毛;花直徑2.5-4厘米;萼筒鐘狀,外面無毛;萼片卵形,稀半圓形,長4-5毫米,比萼筒約短一半,先端急尖或圓鈍,邊緣有不顯明鋸齒,外面無毛,內面基部有褐色短柔毛和睫毛;花瓣倒卵形或近圓形,基部延伸成短爪,長約2厘米,寬約1.5厘米,磚紅色;雄蕊40-60,長約花瓣之半;花柱5,基部合生,無毛,柱頭頭狀,有不顯明分裂,約與雄蕊等長。果實近球形,直徑3-4毫米,黃色,萼片脫落。花期3-6月,果期8-10月。